La más antigua alusión a Nuestro Padre jesús de las Cadenas es del siglo XVII y la encontramos en el testamento de Catalina de San Diego de 24 de enero de 1657, lo que hace suponer una devoción anterior. En el manda "así mismo cincuenta misas rezadas por mi alma, las cuales... quiero y es mi voluntad se digan en el convento de Nuestra Señora de la Merced por sus religiosos quitada la cuarta parte, que han de decir los señores clérigos, y, pido y encargo a los dichos Religiosos las digan... en el altar del Santo Cristo de las Cadenas, que es el privilegiado".

Leonor Buenaña manda en 1670 "se me digan tres misas de agonía en la Merced y que se digan en el altar del Santo Christo de las Cadenas". Al igual, impone sobre unas casa de su propiedad "una memoria de diez misas rezadas y dos cantadas en cada un año. Y las dos cantadas se digan el día del Señor San joseph, la una en el altar de Nuestra Señora de las Mercedes y la otra en el altar del Santo Cristo de las Cadenas y las rezaas se digan en el discurso del año.

La cita más antigua del Cristo del Buen Viaje es de 1647, se trata del testamento de Francisco Beltrán de 27 de abril en el que una de sus mandas de indica: "se me digan y canten... una memoria de misas en el convento de Descalzos de Nuestra Señora de la Merced desta villa, las cinco restantes en cinco viernes de Cuaresma en el altar de Santo Cristo".

La primera referencia escrita de la Cofradía del Santo Cristo del Buen Viaje, se encuentra en el testamento de Diego Fernández Navarro de 3 de enero de 1953 en el que dice que "mando se le de limosna a la Cofradía del Santísimo Sacramento, Animas del Purgatorio y Santo Christo de Jerusalén dos reales de limosna a cada una por una vez". El 4 de mayo de 1941, en sesión de junta de gobierno, la hermandad acuerda incorporar al Santo Cristo de Jerusalén y BuenViaje como titular de la Corporación cofrade. La primera salida estaba prevista para la Semana Santa de 1944, "en el paso que hasta el año anterior iba la imagen del Señor de las Cadenas pero no puedo llevarse a efecto a causa de la lluvia, por lo que lo hace en 1945 siendo el segundo del cortejo procesional.

La imagen a la que esta Confraternidad ha venerado a través del tiempo se trata de una talla del S. XVIII atribuida a la escuela Gaditano-Genovesa.
Las restauraciones de las que se tiene constancia fueron producidas en los años 50 por Antonio León Ortega y en 1994 por el profesor Tobaja quien le devuelve la policromía original.

De su ajuar destacar el magnifico conjunto Isabelino compuesto de manto de camarín, saya, manguitos y escapulario de principios del S. XIX, su corona de plata dieciochesca y la labrada en plata sobredorada por Eduardo Seco Imberg en 1926 además del conjunto de bordados compuesto de palio, manto, respiraderos y faldones que conforman el palio que la cobija en la estación de penitencia del Jueves Santo los cuales fueron realizados por Juan Manuel Rodríguez Ojeda en la década de los 20. De la orfebrería del paso de palio destacar los varales realizados en 1922 por Seco Imberg el resto esta proyectado que sea cambiada en los próximos años tarea que tienen encomendada el taller de los Hermanos Delgado de Sevilla.
Los Cultos que la Hermandad le dedica anualmente pasaron de ser el tradicional Septenario que se celebro hasta los años 50 ha un devoto triduo que se celebra durante los días 12, 13, y 14 de Septiembre y la Solemne Función del día 15 de Septiembre día en que la imagen esta expuesta durante todo el día a la veneración de los fieles en solemne besamanos además de la misa que se celebra todos los primeros Jueves de cada mes donde se realiza exposición de su Divina Majestad dado a la especial devoción que nuestros Hermanos le tienen.

En el convento de la Merced existió un exvoto en el que se narra la mediación de la Virgen de los Dolores en la enfermedad de Bernardo Basconcelos que enfermó y desahuciado se encomendó a la Señora, quedando bueno. El texto del exvoto era del tenor siguiente:"¡Sayó Don Bernardo Basconcelos con una gran enfermedad, y desahuciado de los médicos se encomendó a la Virgen de los Dolores y a San Francisco de Paula, y quedó bueno. Año de 1775". En la pintura aparece representado Bernardo Basconcelos en su cama y en el que se veía a la Madre de Dios y a San Francisco de Paula. La Señora, con el corazón atravesado por los siete puñales, representando a la Virgen de los Dolores.

El exvoto está hoy desaparecido, Diego Díaz Hierro afirma en el libro "Historia de la Merced de Huelva, hoy catedral de su diócesis" que lo vió cuando realizaba este estudio histórico lamentando que desapareciera más tarde. Juan Caballero y Lama en "Las más antiguas cofradías onubenses" también alude a la existencia de este exvoto.